Một số chức sắc tôn giáo, trong đó một số thuộc giáo hội chưa được phép hoạt động, bị bắt với lý do, theo nhà nước Việt Nam, vi phạm pháp luật dân sự hoặc hoạt động chính trị trái phép.

Tổ chức Quan sát Nhân quyền (Human Rights Watch) thu thập một số báo cáo về các giáo hội không đăng ký trên vùng Tây Nguyên bị san bằng và một số tín đồ bị buộc từ bỏ đạo.

Linh mục Nguyễn Văn Lý, một tu sĩ được ân xá ngày 31 tháng 1 năm 2005, vốn bị kết án 15 năm tù (và 2 lần giảm án 5 năm) sau khi gửi thư điều trần tới Ủy ban Hoa Kỳ về tự do tôn giáo quốc tế. Ông bị khởi tố với hai tội danh: "không chấp hành quyết định quản chế của cơ quan nhà nước có thẩm quyền" và "phá hoại chính sách đại đoàn kết." Tháng 2 năm 2006, linh mục Nguyễn Văn Lý đã bị quản chế tại Bến Cũi, Thừa Thiên Huế, cũng với tội danh nêu trên. Những lãnh đạo của Giáo hội Việt Nam thống nhất, vốn không được nhà nước thừa nhận đã bị cầm cố trong chùa của họ suốt nhiều năm. Tuy nhiên nhà nước Việt Nam phủ nhận việc quản thúc này.

Một số vị lãnh đạo và tín đồ trong Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất cũng đã bị giam giữ nhiều năm vì nỗ lực chống việc chính quyền đòi quyền tuyệt đối kiểm soát Giáo hội.[1]

Philip Taylor, một nhà nhân học ở Đại học Quốc gia Úc và là chuyên gia về tôn giáo Việt Nam, nhận định: "Tôn giáo phát triển ở Việt Nam ngày nay, khi xét về số lượng tín đồ và sự đa dạng tín ngưỡng". Nếu như trong thập niên 1980, ít ai đi dự các buổi lễ ở nhà thờ Công giáo và Tin lành thì nay chúng chật cứng người. Năm 2001, Giáo hội Tin lành miền Nam Việt Nam lần đầu tiên được chính thức công nhận. Các ngôi chùa mới xuất hiện trên khắp nước.

Ủy ban Tự do Tôn giáo Hoa Kỳ, Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ và nhiều tổ chức tự do tôn giáo quốc tế khác cho rằng ở Việt Nam quyền tự do tôn giáo còn nhiều hạn chế.

Ngày 06 tháng 01 năm 2011, Đại sứ Michael W.Michalak đã có cuộc họp báo kết thúc nhiệm kỳ công tác tại Việt Nam và trao đổi thêm về nhân quyền, theo đó ông khẳng định "về lĩnh vực nhân quyền, chúng ta đã thấy những tiến bộ, nét tích cực từ phía Việt Nam như việc Việt Nam đã đạt được những bước tiến lớn trong việc giảm nghèo hoặc mở rộng hoạt động của các nhóm tôn giáo". Ông cũng không quên nói thêm là "cũng còn những điều quan ngại".[2]